https://www.nature.com/articles/s41586-022-05035-y

分组织类型解析转录本,并研究在基因突变情况下这些组织转录本的变化,能够帮助人们理解转录调节机制以及突变在疾病发展中如何发挥作用。但是受限于常用的转录本检测技术(主要基于illumina二代测序),目前人们对组织转录本解析分辨率不高,主要表现在对可变剪切以及调控序列等分析不够准确,也很难分等位基因(Alleles)解析转录本(1, 2)。

为此,结合长读长测序技术(Oxford Nanopore),The Broad Institute of MIT and Harvard Beryl B. Cummings等研究人员对来自56位捐献者的14种组织类型以及成纤维细胞系共90个样本重新进行了转录本解析。研究人员共解析21,067个注释基因的93,718种转录本,其中71,735种(约77%)为新转录本(相对于Genotype-Tissue Expression (GTEx)项目中相应的转录本数据);研究人员甚至用质谱技术对部分新转录本进行了蛋白水平的验证(3–5)。

整体数据概览(5)

进一步,研究人员开发LORALS(long-read allelic analysis)工具针对长读长测序数据分alleles解析转录本结构,并细致分析基因突变如何影响转录本结构变化,从而为解析基因组变异关联疾病的详细机制打下了基础(5)。

结合长读长测序技术,分alleles解析转录本结构变化(5)

该项工作2022年8月3日发表在nature(5)。

Comment(s):

如果长读长?测序??技术?的?敏感性?有突破?的?话?,将来结合单细胞测序将会解析更多的新转录本,不过会面临区分受严格调控发挥功能的转录本以及转录噪音的问题。

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参考文献:

1. D. L. Nicolae et al., Trait-associated SNPs are more likely to be eQTLs: annotation to enhance discovery from GWAS. PLoS Genet. 6, e1000888 (2010).

2. F. J. Sedlazeck, H. Lee, C. A. Darby, M. C. Schatz, Piercing the dark matter: bioinformatics of long-range sequencing and mapping. Nat. Rev. Genet. 19, 329–346 (2018).

3. F. Aguet et al., The GTEx Consortium atlas of genetic regulatory effects across human tissues. Science (80-. ). 369, 1318–1330 (2020).

4. S. Oikonomopoulos, Y. C. Wang, H. Djambazian, D. Badescu, J. Ragoussis, Benchmarking of the Oxford Nanopore MinION sequencing for quantitative and qualitative assessment of cDNA populations. Sci Rep. 6 (2016), doi:10.1038/srep31602.

5. D. A. Glinos et al., Transcriptome variation in human tissues revealed by long-read sequencing. Nature, 1–8 (2022).

原文链接:

https://www.nature.com/articles/s41586-022-05035-y

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